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植物研究综合性数据库整理

1.http://www.bioinfo.wsu.edu/

作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库

 

2.https://www.agbiodata.org/

农业生物数据库和相关资源综合平台

 

3.https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html

植物比较基因组学资源库

 

4.http://www.plantontology.org

集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台

 

5.http://harvest.ucr.edu/

作物EST序列及相关分子信息数据平台

 

6.http://www.gramene.org/ 

Gramene:用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台

 

7.https://www.uniprot.org/

蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台

 

8.http://urgi.versailles.inra.fr/

URGI:针对有农学意义的植物研究生物信息平台

 

9.http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php#

agriGO:GO分析工具包和数据库综合平台

 

10.http://www.bioinformatics.nl/AraQTL

基于Web的用于表达定量性状位点(eQTL)研究的工作台和数据库

 

11.http://www.plantgdb.org/

植物基因组序列数据库

 

12.https://mpss.danforthcenter.org/index.php

二代测序(NGS)数据库,包括植物的RNA和基因组信息资源


13.http://pgsb.helmholtz-muenchen.de/plant/plantsdb.jsp

植物基因组数据库


14.http://bioinf.scri.sari.ac.uk/cgi-bin/plant_snorna/home

植物snoRNA基因数据库


15.http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/

植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库


16.http://metacrop.ipk-gatersleben.de

作物代谢途径数据库


17.http://podb.nibb.ac.jp/Organellome

植物器官研究数据库


18.http://www.drastic.org.uk

植物细胞的信号转导分析数据库


19.http://www.pathoplant.de

植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库


20.http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

植物转录因子数据库


21.http://plntfdb.bio.uni-potsdam.de/v3.0/

植物转录因子数据库


22.https://apex.ipk-gatersleben.de/apex/f?p=116:1

作物EST数据库


23.https://www.dna.affrc.go.jp/PLACE/?action=newplace

植物顺式调控DNA元件数据库


24.https://webapps.plantenergy.uwa.edu.au/applications/mpic/

植物线粒体蛋白运输元件数据库


25.http://www.mirbase.org/ 

生物microRNA数据库


26.https://bioinformatics.cse.unr.edu/fat-ptm

FAT-PTM:用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库


27.http://sundarlab.ucdavis.edu/smrnas/

谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库


28.http://ppdb.tc.cornell.edu/default.aspx

拟南芥和玉米蛋白质组数据库


29.http://atted.jp/

ATTED-II :基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库


30.http://ibi.zju.edu.cn/plantcircbase/

植物Circular RNAs数据库


31.http://plantcrispr.org/cgi-bin/crispr/index.cgi

植物基因编辑数据库,收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息


32.https://www.try-db.org/TryWeb/Home.php

植物性状全球数据库


33.http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/

植物基因和基因组重复的数据库


34.http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

植物microRNA数据库


35.http://genome.ppws.vt.edu/cgi-bin/MLST/home.pl

植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站


36.http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD

植物非编码RNA数据库


37.http://amp.pharm.mssm.edu/datasets2tools/landing/tool/PLncDB

植物长非编码RNA数据库


38.http://prgdb.org/prgdb/

植物抗病R基因数据库


39.https://www.inetbio.org/aranet/

拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库


40.http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page

基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库


41.http://ppdb.agr.gifu-u.ac.jp/ppdb/cgi-bin/index.cgi

植物启动子数据库

 


发表时间:2020-06-23

作者:易智编译

浏览次数:1399

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